xj900yamr6rj03

Hallo zusammen!
Habe mir letztes Jahr eine R6 rj03 gekauft und bin diese bis vor kurzem auf 48 ps gedrosselt gefahren.
Habe bei dieser nach dem Kauf die Zündkerzen gewechselt, Öl und Ölfilter gewechselt, da sie im Standgas immer wieder drehzahlschwankunhen hatte (+-150 Umdrehung/min). Danach lief sie aber noch genau so.
Hatte mich damit abgefunden, da ich gedacht habe vllt. laufen die rj03 so! Nachdem ich die Drossel jetzt raus gebaut habe merke ich aber, dass das Motorrad bei weitem nicht auf Höchstgeschwindigkeit kommt. Habe deswegen neuen Luftfilter, neue ansaugstutzen verbaut und den vergaser Ultraschall gereinigt und neu synchronisiert ... gleiches Problem ...
Als ich beim anmachen nun die Krümmer angefasst habe ist mir aufgefallen, dass der in Fahrtrichtung linke Krümmer nicht heiß wird ... also die ganze Zeit nur auf 3 Zylindern gelaufen ist. War mir leider nicht bewusst ist mein erstes Motorrad. Habe dann die Zündkerze gewechselt und das Motorrad lief einwandfrei im standgas! Krümmer wurden alle vier heiß!
Nachdem ich ca.20 Minuten gefahren bin, wieder das gleiche im standgas... Zündkerze wieder kaputt? Gehe davon aus, dass damals als ich die Zündkerzen gewechselt habe genau das gleiche passiert ist und ich aufgrund meiner nicht vorhandenen Erfahrung nichts gemerkt habe.
Meine Frage jetzt woran kann das liegen? Habe ich dadurch, dass ich ca 4000km nur auf 3 Zylindern gefahren bin noch mehr kaputt gemacht?
Vielen Dank für antworten!